水稻连作有“自毒”作用，同一个高产水稻品种，在水稻田中最多种植3~5年就需要更换一个水稻品种，否则，种植的水稻除在病虫害上有所加剧外，而且产量一年不同一年（逐年下降）。
为什么会出现这样的结果？用一句话来总结就是：水稻连作带来的减产减收。水稻连作有哪些弊端：
（一）连作水稻品种病虫害危害加重。水稻田种植的水稻品种，刚开始种植的时候，对其生长发育环境还有个“适应”过程。在这个适应过程中，水稻出于“本能”对其生长发育环境有“抵御”和“抗拒”作用，因此其生长发育就会生长健壮旺盛。
随着连作年数的增加，水稻在生长发育过程中对环境的不利条件“抵御”和“抗拒”程度逐渐减轻而融入这种生长不利环境。
这样的恶果是水稻在生长发育过程中遭受的病虫害危害累积的病原菌和虫卵愈来愈多，并与种植水稻植株“和谐共生”，致水稻对这些病虫害的抗逆性愈来愈低，所以连作的水稻会有加剧病虫害危害的风险。
比如水稻纹枯病，在上年的种植过程中，如果水稻纹枯病发病较严重，甚至于因为某种原因，水稻纹枯病出现水稻“黄塘”而死棵，那么残留在水稻田中的纹枯病病原菌会成为翌年田间纹枯病的再侵染源。我们知道现在水稻田间上年患感的病害，如果在下一年不提前预防或加重防治，纹枯病肯定会“爆发”，这些现象，在现在的农作物种植过程中是普遍存在的。
（二）水稻连作可致土壤肥力下降养分比例失调，土壤结构恶化。
不同的水稻品种对土壤的肥力需求不同。有的水稻品种对土壤的肥力需求较高，有的水稻品种对土壤的肥力需求较低。
需肥多的水稻品种，则要求水稻种植者在施肥上要投入较多的肥料，才可以达到丰产稳产。施肥不足则可能出现水稻后期脱肥，影响谷粒的充实和粒重，导致水稻减产降质。相反对肥水需求不高的水稻品种，多施肥则意味着“毒害”，养分吃不完不说，多余残余的肥料会留存在土壤中，对环境造成污染，而且还会加速土壤板结酸化。
（三）引起水稻根结线虫病发生。生产实践证明：连作的水稻地块水稻根结线虫多，根结线虫病严重。根结线虫可致水稻植株在分蘖期不分蘖不发棵，植株瘦小矮缩不拉新叶，翻黄，根系生长发育不良，老根黄褐新根少，吸肥力下降，严重危害者根部出现“根结”，幼苗出现坐蔸死棵，减损亩基本苗数量。
（四）水稻出现“自毒”作用。
水稻“遗传”的病害会致水稻的生长发育不如前茬，水稻植株本身分泌的毒素物质对水稻的生长发育有“自毒”作用。
解决水稻“连作障碍”问题的有效措施：（一）进行不同作物的轮作。
比如小编寄居地是单季种植水稻，一年只种水稻一季。水稻田在水稻收获以后，可以种植赿冬油菜或小麦。这样在一个年度生长周期内，可以做到油菜与水稻的轮作。
（二）进行水稻品种的迭代更替。
现在的水稻品种多，迭代更新快。可以达到3~5年更换种植一个水稻新品种。
（三）进行水稻田的土壤改良。
利用冬闲田时间，对水稻田土壤进行改良。最简单的办法就是用每亩斤生石灰改良，隔3年又撒施一次生石灰。
（四）改变用肥结构。
避免传统单一施肥习惯，多施农家有机肥，堆肥厩肥，辅以适量化学肥料，增施微肥特别是硅肥等。
（五）注意地下害虫的危害，特别是根结线虫对水稻根部的危害。
地下害虫危害水稻致水稻出现早期生理性“坐蔸”是影响水稻丰产稳产的“瓶颈”，尤其是山区稻田要特别注意。在此基础上，做好水稻根结线虫对水稻根部危害的防控。