持续的高湿环境加上适宜的气温，非常有利于害虫繁衍及病害发生。保护地蔬菜未及时做好通风、排水工作，就会破坏生态平衡，导致植株早衰、减产等严重损失。
作为我国各地普遍栽培的黄瓜，在潮湿多雨天气极易发生病虫害。主要病害有猝倒病、立枯病、霜霉病、白粉病、细菌性角斑病、炭疽病、枯萎病等。主要虫害有蚜虫、叶螨、白粉虱、蓟马等。
在防治黄瓜病虫害时，应从“作物一病虫草害一环境”整个生态系统出发，采用综合措施进行防控。具体措施如下：
1.合理轮作
选择3～5年未种过瓜类及茄果类蔬菜的棚室种植，可有效减少枯萎病、根结线虫及白粉虱等病虫源。
2.清洁田园
清洁前茬作物的残体和田间杂草，带出后集中进行堆肥发酵处理，减少田块内病菌和害虫残存量。
3.种子处理
温汤浸种：将种子放入将种子浸入50-55℃的水中，边浸边搅拌15min，捞出后用30℃水保温浸种4h-6h后可播种。
干热灭菌：将种子以2-3cm厚度摊放，60℃通风干燥2-3h,然后再75℃处理3d。
硫酸铜溶液浸种：先用0.1%硫酸铜溶液浸种5min，捞出后用清水清洗3次，然后催芽播种。
高锰酸钾溶液浸种：先用40℃温水浸种3-4h后捞出，再放入0.5-1%高锰酸钾溶液中浸种10-15min，捞出用清水清洗3次后催芽播种。
4.嫁接育苗
嫁接育苗可防止枯萎病等土传病害的发生。需注意埋土在接口以下，防止嫁接部位接触土壤产生不定根而受到侵染。
5.培育壮苗
育苗床选择未种过瓜类作物的地块，或专门的育苗室。土壤中加入腐熟的有机肥配制营养土。
适时通风降湿，加强田间管理；夜间适当低温，防止幼苗徒长；培育健壮无病、无虫幼苗。夏季育苗，应在有遮阳、防虫设施的棚室内进行。
6.田间管理
定植时，密度不可过大，以利于植株间通风透气。栽培畦用地膜覆盖，采用膜下暗灌的方式，降低空气湿度。及时去除底部子蔓，根据植株长势，控制结瓜数，不多留瓜。
多施有机肥，适时叶面喷施钙肥、硅肥等营养元素增强黄瓜的抗病虫能力。
8.高温闷棚
整地施肥后，依据作物情况起垄，使覆盖的地膜与地面之间有空隙。大棚四周做坝灌水，关好大棚风口，盖好棚膜以防止雨水进入。大棚密闭前，喷施一遍杀菌药和杀虫剂，以杀死躲在墙缝中的病菌和害虫。
闷棚半个月后，掀开地膜、打开上下风口，及时释放毒气。两三天后，往地里大量灌水，并在灌水完成后，重新覆膜关闭通风口，再闷半个月。
9.病害闷棚
黄瓜霜霉病发生时，可采用高温闷棚抑制病情发展。选择晴天中午密闭棚室，使其内温度迅速上升到44～46℃，维持2小时，然后逐渐加大放风量，使温度恢复正常。
为提高闷棚效果和确保黄瓜安全，闷棚前一天最好灌水提高植株耐热能力；闷棚后要加强肥水管理，增强植株活力。
10.物理诱杀
①利用蚜虫、斑潜蝇、白粉虱等害虫对不同颜色的趋性，在棚室内悬挂不同颜色的诱虫板。每亩用15～20片。也可铺银灰色地膜或悬挂银灰膜膜条避蚜。
②棚室门口及通风口张挂40目防虫网，防止蚜虫、白粉虱、斑潜蝇、蓟马等进入，减少虫源。
③安装频振式杀虫灯、黑光灯诱杀多种害虫。
11.生物防治
可在温室内释放天敌丽蚜小蜂控制白粉虱，每隔10天左右放一次，共3～4次，寄生率可达75%以上。
生物制剂具体针对病虫害如下：
除虫菊素：对蚜虫、白粉虱等同翅目害虫，斜纹夜蛾、玉米螟等鳞翅目害虫有良好的防治作用。
大蒜素：对细菌病害，如黄瓜细菌性角斑病等有较好的防治作用，对霜霉病等病害也有一定防效。
鱼藤酮：防治叶螨、黄曲条跳甲、蚜虫、白粉虱、斑潜蝇等害虫。
苏云金杆菌：防治菜青虫、小菜蛾、玉米螟等鳞翅目害虫。
木霉菌：防治瓜类白粉病、炭疽病，对枯萎、立枯、猝倒、根腐病等土传病害有良好的预防作用。
木醋液/竹醋液：苗期或定植后灌根处理，可有效促进黄瓜叶片及茎秆生长。
枯草芽孢杆菌：对黄瓜灰霉病、白粉病、霜霉病有良好的治疗作用。
此外，按绿色标准种植的黄瓜，可使用生物制剂合理搭配春雷霉素、儿茶素、多抗霉素、中生菌素等，减轻黄瓜病害发生程度。